1905年，为了疏浚黄浦江航道，上海道台袁树勋上书光绪帝《改订修浚黄浦河道条款》，光绪帝在奏折上批“知道了”，同年12月26日设立“浚浦工程总局”，即上海航道局的前身。

1928年，浚浦工程总局和江海关耗资430万两白银合建的海关大楼落成，浚浦局总部迁入办公至今。海关大楼位于上海中山东一路13号。大楼的钟楼高四层且有四个钟直径超过5米。海关大钟声音洪亮可传数里之外，是亚洲第一大钟。1949年，上海解放后，浚浦局由军管会接管，曾被帝国主义和官僚资本主义控制达40多年的上海港口治理养护权，回到人民手中。

浚浦局此后又经多次机构改革，于1964年定名“上海航道局”，并实现了长江口南槽航道7米航槽通航。

1972年，中港疏没有限公司前身，交通部长江口航道整治工程处成立。

1976年，长江口7米南南槽航道通航，为中国当时最大型及最复杂的航道整治工程。

1978年，更名为上海航道局第六工程处。

1982年，首次跨出国门，走向海外市场。

1985年，更名为九州疏浚公司。

1989年，更名为上海九州疏浚工程公司

1998年，长江口深水航道治理一期工程开工。

2002年，承建上海国际航运中心——洋山深水港工程。

2005年，进入中国交通建设集团。

2010年，更名为中港疏浚公司，同年长江口12.5米深水航道工程完成通航。

2020年，荣获国家科学技术进步奖特等奖。

2023年，新一代超大型智能化自航绞吸挖泥舶“新海鲨”轮正式入列。

2024年，全球最大LNG双燃料动力耙吸船“新海鲟”轮完成交付。